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1999, l'Année de la Destinée. L'avenir du monde réside dans les mains d'un seul homme, Kamui Shirô, qui doit détruire l'un des deux dragons de la terre et du ciel. Il doit décider seul si l'humanité doit disparaître et laisser place à un univers purifié ou protéger les civilisations existantes...

Un orphelin tue celui qu'un informateur lui a désigné comme étant l'assassin de sa famille. Des années plus tard, il découvre qu'il a en fait tué son père et que son informatuer était le véritable meurtrier...

Les aventures d'un petit garçon qui voyage de planète en planète à bord d'un train, le Galaxy Express 999, dans le but de venger la mort de sa mère.