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Tous deux élèves de primaire, Takaki et Akari se sont rapprochés grâce à leur amour commun de la lecture. Mais un jour, la jeune fille déménage... Faute de mieux, les deux amis commencent donc à s'échanger des lettres... C'est alors que Takaki décide d'aller rendre visite une dernière fois à son amie, un soir d'hiver...

Depuis la disparition de son père, Asuna une jeune écolière, a pris pour habitude de s’isoler dans les collines pour écouter les chants étranges provenant d’un émetteur qu’il lui a légué. Sur la route menant à son refuge secret, elle est attaquée par un monstre gigantesque et sauvée par Shun, un garçon à l’allure héroïque. Avant de disparaître, ce dernier lui dit venir d’un monde oublié appelé Agartha. Grâce à l’aide de son mystérieux émetteur et accompagnée de l’un de ses professeurs, Asuna va partir à la recherche d’Agartha, la légendaire Terre des Dieux où se trouve caché le secret permettant de ramener à la vie des êtres disparus. Mais jusqu'où sera-­‐t-­‐elle prête à aller pour retrouver l’être qui lui est cher ?

Après la Seconde Guerre Mondiale, le Japon se retrouve divisé et occupé par deux forces rivales. Alors que l'Hokkaido est annexé par l'Union, les autres îles sont gouvernées par des forces américaines. Trois amis de la zone américaine, fascinés par une énigmatique tour érigée par l'Union, se sont fait la promesse de construire un avion et de lever le voile sur le mystère entourant la tour. Ce projet échoue lorsque l'un d'eux disparaît....